Ngày 11/11/2021, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 99/2021/NĐ-CP quy định về quản lý, thanh toán, quyết toán dự án hoàn thành sử dụng vốn đầu tư công và Bộ trưởng Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 96/2021/TT-BTC quy định về hệ thống biểu mẫu sử dụng trong công tác quyết toán thay thế Thông tư số 10/2020/TT-BTC ngày 20/02/2020 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định về quyết toán dự án hoàn thành sử dụng nguồn vốn nhà nước; các văn bản này có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2022. Căn cứ quy định hiện hành của Nhà nước, Nghị định và Thông tư đã quy định cụ thể nhiều nội dung liên quan đến việc quyết toán vốn đầu tư công dự án hoàn thành, cụ thể:

- Tại điểm b khoản 3 Điều 32 Nghị định quy định Chủ tịch Ủy ban nhân dân cùng cấp với cấp có thẩm quyền phê duyệt phương án bồi thường, hỗ trợ và tái định cư để phê duyệt quyết toán chi phí bồi thường, hỗ trợ và tái định cư hoàn thành.

- Tại Điều 46 Nghị định đã quy định việc xác định chi phí kiểm toán độc lập, chi phí thẩm tra, phê duyệt quyết toán là chi phí tối đa, thuộc nội dung chi phí khác trong tổng mức đầu tư được duyệt (hoặc điều chỉnh) của dự án, các chi phí này được xác định trên cơ sở giá trị cần thuê kiểm toán (hoặc giá trị quyết toán do chủ đầu tư đề nghị phê duyệt) của dự án, dự án thành phần, tiểu dự án, công trình, hạng mục công trình độc lập nhân (x) với tỷ lệ định mức được xác định theo quy định và cộng với thuế giá trị gia tăng (đối với chi phí kiểm toán độc lập).

- Tại Điều 52 Nghị định đã quy định Bộ, cơ quan trung ương và Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, cấp huyện, các cơ quan, tổ chức khác có liên quan có trách nhiệm kiểm tra, đôn đốc các chủ đầu tư thực hiện quy định về quản lý, thanh toán, quyết toán dự án sử dụng vốn đầu tư công và công khai danh sách các nhà thầu vi phạm thời gian lập hồ sơ quyết toán trên Báo Đấu thầu, hệ thống mạng đấu thầu quốc gia để thông báo cho các chủ đầu tư, ban quản lý dự án biết các nhà thầu vi phạm thời gian lập hồ sơ quyết toán hợp đồng. Không để nhà thầu có vi phạm quy định về thời gian lập hồ sơ quyết toán vốn đầu tư dự án hoàn thành được tham gia đấu thầu dự án, gói thầu mới.

- Tại Điều 54 Nghị định đã quy định cụ thể về việc chuyển tiếp, theo đó đối với các dự án, dự án thành phần, tiểu dự án, công trình, hạng mục công trình độc lập sử dụng vốn đầu tư công đã nộp hồ sơ quyết toán dự án hoàn thành về cơ quan chủ trì thẩm tra quyết toán trước ngày 01/01/2022 hiện theo quy định tại Thông tư số 10/2020/TT-BTC ngày 20/02/2020 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định về quyết toán dự án hoàn thành sử dụng nguồn vốn nhà nước.